Fue fundada por indígenas zapotecas, viniendo a mezclarse con otras tribus, entre ellas los tonaltecas quienes lograron imponer sus costumbres, religión y técnicas militares entre otras cosas. A la llegada de los españoles gobernaba Tonalá Tzapotzintli, mejor conocida como Tzuapili o Cihualpilli. Nuño de Guzmán, conquistador oficial de Tonalá, entra a Tonalá el 25 de marzo de 1530 en paz y en medio de un gran festejo. Los locales entonces se volvieron inconformes ante la posesión española e iniciaron una campaña que no tuvo éxito. Durante la dominación española, Tonallan fue nombrada Provincia del Reino de Nueva Galicia con el nombre de Santiago Tonalá. Fue hasta 1824, después de laIndependencia de México, que fue renombrada como Tonalá. Aquí se encuentra el Museo Nacional de la Cerámica, y el Cerro de la Reina que es famoso porque se dice que bajo su aspecto de loma se oculta una pirámide de la antigua civilización.